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1.合伙企业的特点
合伙企业是指自然人、法人和其他组织依照《中华人民共和国合伙企业法》在中国境内设立的企业，合伙企业分为普通合伙企业和有限合伙企业。
由于有限合伙企业由普通合伙人执行合伙事务，而有限合伙人不执行合伙事务，不得对外代表有限合伙企业，所以普通合伙人可以通过较少的出资控制合伙企业，因此成为国内股权投资基金和员工持股企业常见的组织形式。在员工持股合伙企业中，通常由拟上市公司高管或其他人担任普通合伙人，公司其他员工担任有限合伙人。
2.自然人作为合伙人的个人所得税问题
(1)限售股转让所得税
根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》(财税[2000]91号)(以下简称“91号文”)，“个人独资企业和合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%—35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
前款所称收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品(产品)销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。”按此规定，合伙企业转让限售股时，自然人合伙人按5%至35%的累进税率征收个人所得税。
一些地方为了鼓励股权投资类合伙企业，在合伙企业转让限售股时，对不执行合伙事务的个人合伙人，按“财产转让所得”征收20%的个人所得税，对执行合伙事务的个人合伙人，则比照“个体工商户的生产经营所得”，征收5%至35%的累计所得税。部分地方对股权投资类合伙企业自然人合伙人统一按20%的税率征收个人所得税。
(2)股息红利所得税
根据《关于<国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>执行口径的通知》(国税函[2001]84号)(以下简称“84号文”)，合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入合伙企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
根据《个人所得税法》(2011)第三条第五款，利息、股息、红利所得税率为百分之二十。因此，自然人通过合伙企业持股时，从上市公司取得的股息红利的个人所得税率为20%。
3.关于营业税
(1)限售股转让营业税
1993年出台的旧《营业税暂行条例实施细则》第三条规定：条例第五条第(五)项所称外汇、有价证券、期货买卖业务，是指金融机构(包括银行和非银行金融机构)从事的外汇、有价证券、期货买卖业务。因此，旧《营业税暂行条例实施细则》有效时，只有金融机构需要交纳金融商品买卖的营业税。
2008年修改后的新《营业税暂行条例实施细则》第十八条规定：条例第五条第(四)项所称外汇、有价证券、期货等金融商品买卖业务，是指纳税人从事外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品买卖业务。2009年《财政部、国家税务总局关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》(财税[2009]111号)规定：“对个人(包括个体工商户和其他个人)从事外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品买卖业务取得的收入暂免征收营业税。”合伙企业与个人独资企业不属于个人的范畴，不符合上述免征营业税的条件。所以，目前合伙企业限售股转让需要交营业税，税目是金融保险业，税率5%。
实践中，由于营业税为地方税种，由省级以及省级以下地方分配，为了鼓励股权投资行业的发展，一些地方政府会将部分乃至全部营业税返还。
(2)股息红利营业税
营业税的征收对象为提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，股息红利不属于营业税的征收范围，因此不需要缴纳营业税。
4.合伙企业持股税收总结
综上所述，自然人通过合伙企业持股时：
(1)合伙企业转让限售股时，合伙企业缴纳5%的营业税，按营业税附加税13%的比例，营业税及附加税为5.65%，自然人缴纳5%~35%或20%的所得税(根据不同地区政策而定)，加上营业税及附加，合计税负为10.37%~38.67%(按个体工商户税率)或24.52%(部分地区)。
(2)上市公司分红时，所得税税负为20%。
实践中，为鼓励支持创投基金发展，不同地方有不同的营业税减免的规定。同时，合伙企业可以通过一些成本费用降低应纳税所得额，从而降低税负。
值得注意的是，目前国税总局不认可地方政府出台的股权投资类合伙企业合伙人20%所得税的政策，未来可能要求按“个体工商户的生产经营所得”征收5%~35%的累进税进行规范，因此地方股权投资合伙企业的税收政策面临规范调整的风险。
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