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生物菌肥是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。其在我国已有近50年的历史，从根瘤菌剂——细菌肥料——微生物肥料，从名称上的演变已说明我国微生物肥料逐步发展的过程。 长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见。一种看法认为它肥效很高，把它当成万能肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；另一种看法则认为它根本不是肥料。其实这两种都是偏见。国内外多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且有化肥达不到的效果。因此，我们认为它是肥料，又与传统化肥和有机肥在概念和内涵上不同。
生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料
一般我们能应用的是有机肥
使用有机肥料的主要优点是您将在未来数年内可不断耕种而不是消耗土壤。
天然得有机肥料有助于增强土壤健康。有机肥料是生态系统友好的替代品，可替代化学肥料。众所周知，化肥会消耗土壤微生物并浸入地下水中，对湖泊、河流、海洋生物造成巨大的“灾难”。
使用有机肥料的主要优点是您将在未来数年内不断耕种而不是消耗土壤。通过以可持续和环保的方式提高土壤肥力并刺激植物生长，有机肥料将为土壤增加养分，以供植物吸收。这些营养素还被居住在健康，生产性土壤中的多种微生物所利用，这些微生物反过来又有利于植物生长，并提高植物的免疫力以及对高温和干旱条件的耐受性。
硬质板结的土壤质地或散沙状的砂质土壤要种植蔬菜、果树或中药等作物是非常困难的（极个别作物除外，例如：黄精种植）。
若在田里混入有机肥，有机肥就会成为微生物的食物，有利于微生物的繁殖。细菌、真菌类、各种昆虫、蚯蚓等大小不同的生物开始活动。
此时透过微生物分泌的黏液，在微观的土壤中，离子结构成为小小的团状。这样的土壤成为团粒结构，非常适合作物的生长。
因为团子和团子之间的空隙，能使通气性、排水性良好。同时一个一个的团子也能贮存水分，保水性也很好。
在这样的土壤中有许多的微生物，彼此之间形成相互推挤的平衡。因此，就不会有恶性的微生物繁殖，就像人体的肠道一样，有益微生物与有害微生物达到平衡。同时混入有机肥的作物害能提高病虫害侵袭的风险。
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